Sở Tài chính đã tập trung rà soát và xây dựng Phương án sắp xếp cơ cấu tổ chức bộ máy của Sở Tài chính theo Quyết định số 20/2018/QĐ-UBND ngày 30/5/2018 của Uỷ ban nhân dân thành phố về ban hành Quy chế tổ chức và hoạt động của Sở Tài chính thành phố. Sau thời gian thảo luận, đánh giá, lấy ý kiến công khai về phương án sắp xếp cơ cấu tổ chức bộ máy, Giám đốc Sở Tài chính đã ban hành các quyết định sắp xếp tổ chức bộ máy của Sở Tài chính. Theo đó, kể từ ngày 01/03/2019, Sở Tài chính không có phòng Quản lý Ngân sách quận huyện – phường xã thị trấn. Các nhiệm vụ của phòng Quản lý ngân sách quận huyện – phường xã thị trấn được chuyển giao cho các phòng chuyên môn khác. Cơ cấu tổ chức mới của Sở Tài chính gồm có:
1. Văn phòng Sở
2. Thanh tra Sở
3. Phòng Quản lý Ngân sách
4. Phòng Tài chính hành chính sự nghiệp
5. Phòng Tài chính đầu tư
6. Phòng Quản lý giá
7. Phòng Quản lý công sản
8. Phòng Tin học – Thống kê và Quản lý nợ chính quyền địa phương
9. Chi cục Tài chính doanh nghiệp.